HISTORIA
Nagato e seus pais estavam escondidos dentro da própria casa devido dois ninjas inimigos, eles estavam procurando comida, pois não comiam a quatro dias, um deles fala para procurarem mais pois deve ter mais pela casa. O pai de Nagato manda eles saírem agora da casa, mas a mãe de Nagato e o próprio estão com medo, mas o Pai de Nagato fala que como os ninjas estão ocupados saíram na surdinha, quando estão prestes a sair da casa, Nagato sem querer derruba um vaso próximo e os ninjas ouvem o barulho, perguntando quem estaria ali, antes que pudessem ver, o Pai de Nagato avançou contra um deles e manda que sua mulher e seu filho fujam, a Mãe de Nagato pede que seu filho fuja sozinho, mas este esta com muito medo, de repente a mãe de Nagato é atingida por uma Kunai de um dos ninjas e Nagato tampa sua visão para não ver aquilo e as ultimas palavras dela são para que seu filho fuja.
O Pai de Nagato urra de fúria ao ver a mulher morta, mas é morto em seguida pelo ninja que segurava, vendo aquilo Nagato chora e cai sentado no chão. Os ninjas então percebem que as pessoas que os atacaram não eram ninjas, e o ninjas percebe que o que eles tentavam proteger era uma criança, o ninja fica furioso consigo mesmo pois o Terceiro Hokage havia dado ordens de atacar somente se os inimigos fossem ninjas e não acredita que puderam confundir as pessoas como ninjas, Nagato continua chorando e olha a bandana do ninja, descobrindo que ele é da Vila Oculta da Folha. O ninja arrependido pede perdão, mesmo sabendo que não adiantaria. Cheio de Fúria e de Ódio, Nagato pela primeira vez, ativa seu Rinnegan. Quando Nagato volta a sí, percebe que os dois ninjas a sua frente morreram, ele então chama seus pais e vê ambos mortos, ele olha aquilo horrorizado e começa a chorar ao perceber que aquilo não foi um sonho.
Nagato então fala a Naruto que seus pais foram mortos por uma guerra que Vila Oculta da Folha começou e diz que até hoje não consegue esquecer essa dor, pois ela dói demais, ao ouvir isso Naruto fica meio apreensivo e continua ouvindo a historia:
Nagato então diz que quando sentiu a "Dor" pela primeira vez começou a despertar seus poderes, só então ele percebeu que tinha sido ele que matou os ninjas de Vila Oculta da Folha, depois de enterrar seus pais e se despedir, Nagato sai de sua casa com poucas provisões (comida) e depois que suas provisões acabam, assim Nagato desmaia (isso porque Nagato cresceu fraco e faminto) e é acordado por um pequeno cachorro, acaba assim fazendo amizade com o pequeno cão o chamando de Pequeno. Nagato então sai perguntando em todas as casas se eles podiam dividir um pouco de comida com ele e seu cão, mas todos não querem dividir nada, depois de passar em todas as casas acaba desmaiando de cansaço e fome, Nagato acredita então que este é o fim da linha para ele.
Uma garota então aparece embaixo de um guarda-chuva oferecendo pão a ele, a garota então revela ser Konan, Nagato pergunta se ela tem certeza de dar algo de comer para ele e Konan diz que sim, após se abrigarem, Nagato e seu cão Pequeno dividem o pão igualmente. Depois disso, Konan os leva para uma caverna-acampamento onde ela mora junto com um garoto, ao ve-lo o garoto revela ser Yahiko, este pergunta por que Konan trouxe Nagato e ela diz que ele estava morrendo, fazendo Yahiko compreender e depois fica surpreso ao ver que Konan trouxe até o cão, ele então pergunta o nome de Nagato e este entende que ele perguntou o nome do cão e diz que é Pequeno. Yahiko diz que Nagato tem um nome estranho e Nagato diz que Pequeno é o nome do cão. Eles então se tornaram amigos e passavam a maior parte do tempo roubando diversos tipos de comida, pois enquanto Konan e Nagato distraiam o dono da venda pedindo algo para comer e eram expulso do local, Yahiko roubava a mercadoria.
Nagato então diz que foi naquele momento em que os Yahiko, Konan e ele mesmo se tornaram uma família e criaram um vinculo, pois eram órfãos, e acima de tudo estavam lutando para sobreviver, pois não havia orfanatos na Vila Oculta da Chuva devido as diversas guerras, porém segundo Nagato, Yahiko jamais desistia, fazendo Naruto começar a compreender mais o passado de Nagato, então continua a ouvir atentamente o que Nagato fala:
Yahiko, Konan, Nagato e o cão Pequeno estavam andando pela chuva, quando Yahiko pergunta se Nagato tem sonhos e este não entende, Yahiko então diz que possui grandes sonhos e o maior deles é que ele deseja governar o mundo inteiro, Nagato não entende direito e Konan nada diz, Yahiko diz que quando estiver no topo do mundo não deixara ninguem mais sofrer, ele também diz que não pode morrer, pois assim decepcionaria seus pais, Konan o olha falando surpresa e Yakiho termina seu discurso falando que quando estiver no topo do mundo podera fazer o que quiser, Nagato então diz que Yahiko quer ser uma espécie de Deus e que se ele conseguir isso podera por um fim nas guerras, de repente um Kunai como um Tarja explosiva cai perto deles e explode jogando todos um pouco longe, Yahiko pergunta se eles estão bem e ambos dizem sim, porém Pequeno acabou morrendo com o impacto, Yahiko pragueja se perguntando o que terá acontecido e ele escala pequena montanha, acaba se deparando com um campo de batalha onde diversos ninjas de Ame/Vila Oculta da Folha estão mortos, onde somente 4 estão de pé, o Líder de Amegakure no Sato Salamandra Hanzou em cima de sua salamandra e três ninjas de Vila da Folha,Jiraiya, Tsunade e Orochimaru. Yahiko fica nervoso ao os ver lutando tão perto e Nagato então grita falando que não sabe o que fazer pois Pequeno não esta mais respirando, Yahiko então diz que ele, Konan e Nagato devem sair dali imediatamente, pois iram se preocupar com Pequeno depois.
Nagato então explica a Naruto que os três ninjas de Vila Oculta da Folha eram Jiraiya, Tsunade e Orochimaru, eles estavam lutando contra Hanzou, o líder de Amegakure no Sato, a luta havia chegado a seu auge, porém aparentemente Hanzou desistiu, deixando Naruto um pouco surpreso, mas continua ouvindo o que Nagato diz:
Yahiko, Konan e Nagato se abrigam da chuva e Nagato começa a chorar por perder Pequeno, Yahiko então grita de ódio, dizendo que aquilo que eles estão passando é um inferno, Yahiko então diz que se as guerras vão continuar, ele então se tornara um Deus do mundo inteiro, ao ouvir Yahiko, Nagato a partir deste momento, faz o sonho de Yahiko ser o dele.
Depois de saírem do recinto, Nagato continua chorando e Yahiko manda Nagato parar de chorar, pois isso não vai adiantar, exatamente como a Chuva, Yahiko então diz que ira mudar o País da Chuva. Ele então diz a seus amigos que precisa de força e não palavras, ele então diz que eles precisam ser ninjas.
Naruto nada diz e Nagato diz que eles começaram a procurar um ninja e então encontraram os ninjas que lutaram com Hanzou, Jiraiya, Tsunade e Orochimaru.
Yahiko os aborda pedindo um pouco de biscoito, Jiraiya lhe dá um pacote, ao fazer isso para a criança chama Konan e Nagato. Eles começam a persegui-los.
Nagato diz que não gostava deles por serem de Vila Oculta da Folha, devido à morte de seus pais, então diz que Naruto deve saber como ele se sentia. Ele então continua sua historia:
Tsunade, já irritada manda-os embora, Yahiko então pergunta se eles são ninjas (Ninjas) da Vila Oculta da Folha e se eles poderiam ensinar Ninjutsus, Konan entrega à Jiraiya um origami de flor feita com a embalagem do biscoito, Orochimaru sugere matá-los e acabar com isso, mas Jiraiya diz que ficará para ensiná-los Ninjutsu.
Nagato então diz que Jiraiya era diferente e então passaram a conviverem juntos, até que uma coisa aconteceu, Naruto pergunta o que aconteceu, Nagato então diz que ele e Yahiko haviam sido atacados por um Chuunin de Iwagakure no Sato, ele quase matou Yahiko, porém Nagato contra-atacou e fez tudo de um modo inconsciente. Quando voltou a si, percebeu que ele tinha algum poder especial e então percebeu que eram seus olhos, o Rinnegan. Depois desse incidente, Jiraiya decidiu ensina-los. Nagato diz que embora Jiraiya houvesse dito que era para autodefesa, Nagato havia percebido que era para ele conseguir controlar o Rinnegan.
Mas Nagato não conseguia se livrar daquilo, tinha medo de seus poderes e estava repleto de ódio, pois havia pensado que havia feito algo de errado, mas Jiraiya o salvou:
Jiraiya diz que não sabe se o que ele fez foi certo ou não, mas lhe diz que Yahiko só sobreviveu por causa disso e por isso ninguém deve culpá-lo.
Sem perceber, Nagato o havia aceitado, dizendo as seguintes palavras: "Quando as pessoas se machucam, elas aprendem a odiar, com isso quando machucam alguém se enchem de ódio e culpa, mas a dor permite às pessoas aprenderem a ser gentis e também a crescer. E o modo de como você cresce é por sua conta, pois ao conhecer a dor você tenta entendê-la e achar a resposta que depende de você". Nagato diz que Jiraiya havia dito isso quase que para si mesmo do que para Nagato, pois ele ainda não havia achado a resposta, do mesmo modo que Naruto, mas Nagato já havia achado a resposta de antemão:
Nagato então diz a Jiraiya que só quer proteger seus amigos, não importando a dor que tenha que passar, Jiraiya diz que entende. Nagato então pergunta o que Jiraiya vive pensando, ele então diz que vê este mundo impregnado de guerras, o ódio esta por toda a parte, ele diz que gostaria de mudar aquilo, pois ele se pergunta o que é paz e quer saber a resposta.
Depois de 3 anos, Nagato, Yahiko e Konan se tornaram ninjas fortes de mente e alma, porém as palavras de Jiraiya ficaram marcadas em seu coração, pois certa vez Jiraiya disse que o Rinnegan era resposta:
Jiraiya conta a Nagato sobre como o mundo ninja era antes do "Equilíbrio", que era um inferno de guerras piores que recentemente, então diz que simplesmente um Sacerdote Eremita apareceu e ele foi o primeiro a "levar o credo e o desvendar todos os mistérios do Chakra" e tentou a levar a paz ao mundo, e com o passar do tempo, as pessoas começaram a ve-lo pregando suas crenças e essas crenças se tornaram as primeiras técnicas ninja, ele dizia que um ninja não traria Guerra sim trazer a Paz, pelo sacerdote eremita vagar entre os seis cantos do mundo ficou conhecido como "O Eremita dos Seis Caminhos", eles o chamavam de "Messias" por ter o mesmo olhos que Nagato, ele vivia dizendo que traria paz e ordem a tudo e a todos, pois acreditava que um dia as pessoas poderiam se entender. Jiraiya então diz que acredita que Nagato seja reencarnação do Eremita dos Seis Caminhos, pois sente as esperanças dele nos olhos de Nagato.
Nagato diz que Jiraiya havia confiado nele e por fim os deixou:
Depois de alguns anos, Yahiko, Nagato e Konan criaram uma gangue de ninjas que queriam os mesmos ideais, sendo que Yahiko era o líder, essa gangue era conhecida como Gangue da Chuva, e esta gangue ficou famosa da noite para o dia. Todo gangue queria trazer paz sem uso de força bruta, porém o Amegakure esta no meio da guerra entre Vila Oculta da Folha, Suna e Iwa gakures no Satos. Hanzou começou a ouvir boatos sobre aquela gangue e se aproximou deles, pois ele não podia mais ignora-los.
Ele então se encontrou, acompanhado de seus ninjas e sua salamandra, com Yahiko e sua gangue, então Hanzou fez uma proposta: "ele usaria a gangue de Yahiko para negociar a paz entre as Três Grandes Nações do Fogo, do Vento e da Terra", pois sabia que com sua influencia poderia conseguir a paz, foi então que Gangue decidiu ajudá-lo.
Nagato então diz que aquilo foi uma catástrofe, eles eram muito inocentes e crianças ainda, Naruto não entende e pergunta o que foi que aconteceu, Konan se retrai e Nagato diz que por culpa de Hanzou, Yahiko morreu, Naruto fica surpreso ao ouvir aquilo e não consegue entender. O Lide da Akatsuki diz foi tudo uma armadilha, Hanzou temia que a Gangue de Yahiko tomasse Amegakure no Sato dele e então continua sua historia:
No dia que foram se encontrar no local marcado, a ANBU Ne estava lá com Hanzou e seus aliados, isso porque o líder de Amegakure fez uma parceria com o ninja Danzou, que ainda era um ANBU ativo para obliterar a gangue, isso porque Hanzou queria manter sua posição e em troca, Hanzou ajudaria Danzou a se tornar Hokage em uma futura rebelião a Vila Oculta da Folha.
Hanzou captura Konan, e isso deixa Yahiko nervoso, o Líder de Amegakure diz que Yahiko e sua gangue estão sendo um estorvo para os planos deles e que por isso ele iria morrer, se não Konan seria morta em seu lugar. Ele então atira uma Kunai e manda Nagato assassinar Yahiko, ou então Konan morreria, o que deixa Nagato apavorado, mas Konan diz para Nagato não fazer aquilo e eles fugirem, pois não precisam se preocupar com ela, Nagato não sabia o que iria fazer e Yahiko então diz para ele matá-lo. Nagato então começa se lembrar do que havia dito a Jiraiya e Hanzou fala para ele se apressar, pois se não matara a garota do mesmo jeito. Nagato então tira a Kunai do chão e começa a hesitar, então Yahiko vai a sua direção e pega a mão de Nagato e então se perfura no pulmão, Nagato não consegue acreditar naquilo e Yahiko diz que ele e Konan devem ficar juntos não importa o que aconteça, pois ele acredita que Nagato é o novo Messias e por fim cai no chão e morre. Konan começa a chorar ao ver aquilo e Nagato pela segunda sente a Dor olhando para os assassinos, porem muito pior agora, pois depois de tudo que fez nada pode fazer assim como na morte de seus pais e finalmente, a personalidade "Pein acorda".
O Real Poder do Maior Doujutsu
Nagato começa a chorar, não aceitando a realidade em sua volta e Hanzou então dá ordens de matar Nagato, este em sua mente começa a se lembrar do que Yahiko lhe disse sobre sonhos e então todos os ninjas de Amegakure presentes lançam diversas Kunais para matar Nagato, este então se lembra do que Yahiko disse de se tornar o "Deus do Mundo Inteiro", então ele levanta a mão e utiliza seu jutsu Shinra Tensei e deflete as kunais lançadas, impressionando todos ali presentes e então Nagato salta em direção a Hanzou para resgatar Konan, o lide de Amegakure salta a direção oposta, deixando Konan no mesmo lugar e quando Nagato toca no chão, Hanzou utiliza seu poderoso jutsu Katon-armadilha, o Katon: Kibaku Fuda Shuu, então as inúmeras tarjas explosivas se grudam na pele de Nagato, este ao notar aquilo usa novamente seu Rinnegan e de repente tudo ali explode.
Hanzou e todos os ninjas se perguntam se venceram e então Nagato se mostra no fundo do vale com Konan sendo colocada perto do corpo de Yahiko. Nagato segurando a corda que amarrava Konan encara Hanzou, enquanto suas pernas ainda estão queimando. Nagato então diz a Konan se agarrar em Yahiko e se proteger, Hanzou então diz através da fumaça que admite que o garoto é realmente forte por escapar do jutsu Katon dele, Nagato continua olhando Hanzou com um terrível ódio e este ao perceber os olhos de Nagato, e a rapidez que seus ferimentos são curados, então o líder de Amegakure diz que Nagato não é uma criança qualquer e então Danzou manda os ANBU Ne e Amenins matarem todos ali, todos então avançam e Nagato sem pensar, utiliza a invocação mais proibida de toda historia do Kuchiyose no jutsu, o Kuchiyose • Gedo Mazo e Konan então grita para Nagato não usa-la, mas é em vão.Do nada surge uma imensa criatura - estatua igual a da Estatua de Selamento utilizada pela Akatsuki só que sem olhos e libertada das correntes, esta grita de fúria ao ser despertada. Hanzou não acredita no que vê e então Nagato da ordem a criatura agir, esta então enfia inúmeras estacas negras no corpo de Nagato para se conectarem e assim começa a sugar sua força vital e um pouco de sua juventude, deixando quase igual sua aparência atual, ainda chorando Nagato manda a criatura atacar sem piedade e então ela utiliza sua técnica Gentoshin Genryuu Guren que sai da sua boca, de repente um dragão fantasma sai dali e começa a atacar os ninjas, ao toca-los arranca as almas de todos que caem mortos no chão, Nagato então grita para criatura, dando ordens mentais para matar todos ali e então os poucos ninjas de Ame e ANBU Ne (incluindo Danzou que saiu muito ferido da batalha) que sobreviveram fugiram, somente Hanzou permaneceu estupidificado e Nagato fica muito cansado com o esforço, Konan segurando Yahiko fica assustada ao ver aquela cena e Hanzou fala que o membro mais poderoso da gangue não era Yahiko e sim Nagato, pois o Rinnegan dele o surpreendeu. Nagato cheio de fúria ataca Hanzou com o Dragão Fantasma, antes de ser atingido, Hanzou utiliza o Shunshin no Jutsu e some dali, sendo que o ataque do dragão não o pegou, então Gedo Mazo volta para seu local de origem, mas deixa ainda as estacas negras nas costas de seu invocador que ri insanamente, enquanto Konan o observa ainda segurando Yahiko.
Força
Nagato é um dos mais fortes ninjas que já habitou a terra,devido seus controles de chakra e seus jutsus apavorantes.Possui um Jutsu secreto, conhecido como Rikudo no Kuuin que faz ressuscitar ninjas mortos, porem eles são modificados e podem utilizar o tipo de Jutsu que quiserem, mas só esse (ex:invocação), todos eles são controlados por Nagato e se intitulam "Pein". Conseguiu também criar um Jutsu, o Shouten no Jutsu que faz clones de qualquer pessoa, recorrendo ao seu chakra, e assim o clone pode usar os Jutsus dos originais. Esse Jutsu já foi utilizado em prol da Akatsuki.
Nagato também se fez supor que tenha o poder da "Pré-clarividência" (capacidade de prever o futuro). Os Pein que ele controla também possuem um Rinnegan e compartilham a mesma visão, podendo assim ver o alvo de um ângulo diferente (mais o menos no ângulo de 360° juntos). Possuí o Rinnengan, no qual ele pode usar qualquer Ninjutsu que bem entender, ele pode usar qualquer jutsus que ele puder enxergar (ver), porém a alguns que ele não consegue aprender pois exige algo a mais que só a visão. Nagato também possui um Jutsu tão forte que é capaz de arrasar uma vila inteira de uma só vez, como é mostrado no capítulo 429, ao arrasar Vila Oculta da Folha inteira com o Shinra Tensei com máxima potência. Este Jutsu faz com que osPein encurtem suas esperanças de vida, como anunciado por Konan. No mangá 436, Nagato finalmente se revelou, mostrando que tem uma espécie de junção a uma maquina que possui imensos piercings cravados em suas costas para que ele possa transmitir seu chakra entre os seis corpos. Além disso, também tem uma habilidade que segundo Konan, quando Nagato esta próximo aos seus oponentes consegue controla-los apenas com seu chakra, isso somente se perfurar seu inimigo com suas estacas negras. No manga 447, ele revelou a invocação proibida do Kuchiyose no Jutsu, o Kuchiyose • Gedo Mazo.